Köprülü Mehmed Paşanın küçük oğlu. 1637’de dünyâya geldi. Uzun müddet medrese tahsili görmüş olup, 1669’da babasının sadâreti zamânında zeâmetle dergâh-ı âli müteferrikaları arasına girmiş ve burada ilimle meşgul olup, vezir oluncaya kadar zeâmetle geçinmiştir.
Haziran 1680’de vezir olan Fâzıl Mustafa Paşa, 1683’te Niğbolu sancağı da verilme